יחידות התמריצים והקניין הרוחני ברשות החדשנות אחראיות על מתן אישורים שונים הן לחברות הנתמכות על ידי רשות החדשנות והן לחברות שאינן נתמכות אך עוסקות במחקר ופיתוח ופועלות במדינת ישראל. היחידות עוסקות בתחומים הבאים: מתן אישורים לחברות נתמכות בגין גיוס השקעות, הלוואות, העברת ייצור וידע בארץ ולחו"ל. בנוסף, מתן אישורים לחברות מחקר ופיתוח לצורך קבלת תמריצים ממשלתיים או הטבות כלליות: הקלות במס הכנסה לפי פקודת מס הכנסה והחוק לעידוד השקעות הון, הטבות מס לפי חוק האנג'לים, אישורים מיוחדים להנפקה בבורסה לניירות ערך, אישור לצורך קבלת מענקים מהרשות לפיתוח ירושלים ועוד