הרשות מאורגנת במבנה של חטיבות חדשנות. חטיבות אלו מוכוונות משימה ולקוח, והן כוללות
“ארגזי כלים” ייחודיים, המציעים מענה מותאם, כולל ומקיף לצרכים המשתנים של לקוחותיהן:
חטיבות הפעולה של רשות החדשנות הן:
- חטיבת תשתיות טכנולוגיות – תומכת בתשתיות מחקר, בטכנולוגיות פורצות דרך ובגשרים בין האקדמיה לתעשייה.
- חטיבת הזנק – מסייעת ליזמים בראשית צעדיהם לפתח רעיון טכנולוגי חדש לכדי מוצר ולהמשיך לשלבי גיוס מתקדמים ומכירות.
- חטיבת צמיחה – מסייעת לחברות צעירות ובוגרות לצמוח באמצעות חדשנות טכנולוגית.
- חטיבת ייצור מתקדם – תומכת בשיפור התחרותיות והפריון בתעשיות הייצור על בסיס חדשנות טכנולוגית.
- חטיבת חברתית-ציבורית – תומכת בפתרונות טכנולוגיים למטרות חברתיות וציבוריות ופועלת להגדלת וגיוון היצע ההון האנושי עתיר הידע במערכת החדשנות הישראלית
- החטיבה הבינלאומית – מסייעת בהנגשה של חברות ישראליות לשווקים בינלאומיים, וחיזוק ומימון שיתופי פעולה במו”פ עם חברות זרות