נוהל 200-02 הוא הנוהל המסדיר את אופן ההתנהלות הכספית מול רשות החדשנות. בנוסף על כך, עבור כל מסלול הטבה ישנו נוהל, בו ישנה התייחסות ספציפית להוצאות המוכרות במסלול אליו בחרתם להגיש בקשה. ניתן לראות את נהלי כל מסלול, בקישור הנמצא בתחתית עמוד המסלול הרלוונטי.
אל בקשת התמיכה יש לצרף את קובץ התקציב (קובץ אקסל). זהו התקציב המבוקש להכרה בהוצאות הכולל שהוא סה”כ המענק הנדרש מרשות החדשנות והמימון המשלים הנדרש ממגיש הבקשה.