עם אישור הבקשה משורין מלוא תקציב התכנית למשך כל תקופת התכנית. בתום כל שנה על ארגון הבריאות להגיש טופס בקשה מעודכן לאותה שנה (אותו טופס שמגישים בעת אישור התכנית), הכולל פירוט על עמידה ביעדי התכנית בשנה החולפת, ובקשת תקציב מפורטת לשנה העוקבת. לועדת המחקר יש סמכות להחליט על קיצוץ או הפסקת התמיכה בתכנית במקרה של חריגה משמעותית מיעדי התכנית.